根据《中共江苏省委、江苏省人民政府关于印发〈南通市人民政府机构改革方案〉的通知》（苏委〔2010〕19号）和《中共南通市委、南通市人民政府关于印发〈南通市人民政府机构改革实施意见〉的通知》（通委〔2010〕19号），设立市水利局，为市政府工作部门。
一、职责调整
（一）取消已由市政府公布取消的行政审批事项。
（二）取消归口管理全市水利经济工作。
（三）将原市农业机械管理局承担的机电排灌职责划入市水利局。
（四）加强水资源的统一管理和监督工作，加强水资源的节约、保护和合理配置，保障城乡供水安全，促进水资源的可持续利用。
二、主要职责
（一）贯彻执行国家和省有关水利方面的方针政策和法律法规，制定全市水利管理政策措施并监督实施。
（二）组织拟订全市水利现代化建设总体规划、水利中长期发展规划和年度计划，组织编制区域水利综合规划和防洪、水资源保护、水土保持、河道整治等专业规划，并监督实施。组织对有关国民经济总体规划、城市规划及重大建设项目的水资源和防洪的论证工作。
（三）负责市水利建设资金的计划、使用、管理及内部审计监督。研究提出有关水利的价格、收费、税收、信贷、财务等方面的意见和建议。指导市水利国有资产的监督管理工作。
（四）统一管理和保护全市水资源。组织拟订全市水中长期供求规划、水量分配方案并监督实施。拟订节约用水政策，编制节约用水规划及有关标准，指导和推动节水型社会建设工作。
（五）编制水资源保护规划。组织水功能区的划分和监督实施，监测江河的水量、水质，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见。指导饮用水水源保护工作，指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作。指导入河排污口设置并参与水环境保护。
（六）组织、指导水政监察和水行政执法工作，查处重大涉水违法事件，协调水事纠纷。负责长江河道采砂管理和监督检查工作。
（七）组织实施重要水利工程建设和质量监督。指导水利建设市场的监督管理，编制、审查重点水利基本建设项目建议书和可行性报告。依法负责水利行业安全生产工作。
（八）指导全市各类水利设施、水域及其岸线的管理与保护。负责管理区域性的重要水利工程。对全市水利工程实行行业管理。
（九）负责防治水旱灾害，组织、协调、监督、指挥全市防汛防旱工作。负责城市防洪工作，对骨干河道和重要水利工程实施防汛防旱调度及引江调水工作。
（十）指导全市农村水利工作。组织协调农田水利基本建设，指导农村饮水安全、乡镇供水、河道疏浚整治、节水灌溉、机电排灌等工程建设与管理工作。指导全市农村水利服务体系建设。指导全市水土保持和水土流失综合防治工作。
（十一）负责水利科技工作。组织水利科学技术的研究和推广。指导水利信息化工作。
（十二）承办市政府交办的其他事项。