根据《中共江苏省委、江苏省人民政府关于印发〈南通市人民政府机构改革方案〉的通知》（苏委〔2010〕19号）和《中共南通市委、南通市人民政府关于印发〈南通市人民政府机构改革实施意见〉的通知》（通委〔2010〕19号），设立市水利局，为市政府工作部门。
一、职责调整
（一）取消已由市政府公布取消的行政审批事项。
（二）取消归口管理全市水利经济工作。
（三）将原市农业机械管理局承担的机电排灌职责划入市水利局。
（四）加强水资源的统一管理和监督工作，加强水资源的节约、保护和合理配置，保障城乡供水安全，促进水资源的可持续利用。
二、主要职责
（一）贯彻执行国家和省有关水利方面的方针政策和法律法规，制定全市水利管理政策措施并监督实施。
（二）组织拟订全市水利现代化建设总体规划、水利中长期发展规划和年度计划，组织编制区域水利综合规划和防洪、水资源保护、水土保持、河道整治等专业规划，并监督实施。组织对有关国民经济总体规划、城市规划及重大建设项目的水资源和防洪的论证工作。
（三）负责市水利建设资金的计划、使用、管理及内部审计监督。研究提出有关水利的价格、收费、税收、信贷、财务等方面的意见和建议。指导市水利国有资产的监督管理工作。
（四）统一管理和保护全市水资源。组织拟订全市水中长期供求规划、水量分配方案并监督实施。拟订节约用水政策，编制节约用水规划及有关标准，指导和推动节水型社会建设工作。
（五）编制水资源保护规划。组织水功能区的划分和监督实施，监测江河的水量、水质，审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见。指导饮用水水源保护工作，指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作。指导入河排污口设置并参与水环境保护。
（六）组织、指导水政监察和水行政执法工作，查处重大涉水违法事件，协调水事纠纷。负责长江河道采砂管理和监督检查工作。
（七）组织实施重要水利工程建设和质量监督。指导水利建设市场的监督管理，编制、审查重点水利基本建设项目建议书和可行性报告。依法负责水利行业安全生产工作。
（八）指导全市各类水利设施、水域及其岸线的管理与保护。负责管理区域性的重要水利工程。对全市水利工程实行行业管理。
（九）负责防治水旱灾害，组织、协调、监督、指挥全市防汛防旱工作。负责城市防洪工作，对骨干河道和重要水利工程实施防汛防旱调度及引江调水工作。
（十）指导全市农村水利工作。组织协调农田水利基本建设，指导农村饮水安全、乡镇供水、河道疏浚整治、节水灌溉、机电排灌等工程建设与管理工作。指导全市农村水利服务体系建设。指导全市水土保持和水土流失综合防治工作。
（十一）负责水利科技工作。组织水利科学技术的研究和推广。指导水利信息化工作。
（十二）承办市政府交办的其他事项。
根据《关于市水利局办公室增挂组织人事处牌子的批复》（通编办发〔2011〕167号），增挂组织人事处牌子，主要职责是：负责机关公文处理、信息宣传、督查督办、政务公开、机要保密、建议提案、史志年鉴、信访、档案和固定资产管理工作；负责思想政治和宣传教育工作；指导全市水利系统安全生产工作；制订并组织实施水利系统党组织建设的工作规划和目标；负责局机关中层以下干部及局属单位领导班子管理；承办领导班子建设、干部培养、考察、选拔、考核等工作；负责局机关及局属单位的机构编制、干部任免、人员调配、工资福利及奖惩等工作；承办局属单位专业技术职务评聘、工人技术等级考核工作；负责水利行业智力引进、人力资源开发和人才培训工作；负责局机关离退休干部管理和服务工作；承办出国团组的上报及人员政审工作；负责局管干部档案管理，指导局属单位干部职工档案管理；负责统战和人才工作；负责党代表、人大代表和政协委员的政审、推荐、选举工作；负责机构编制、干部人事、工资福利等方面的统计工作；指导全市水利系统精神文明建设及政治思想宣传教育工作；制订并组织实施水利系统教育发展规划和年度计划；扎口管理水利系统各种业务培训。
根据《关于同意市水利局规划与建设出增挂质量与安全监督处牌子等事项的批复》（通编办发〔2016〕57号），增挂质量与安全监督处牌子。调整后，办公室（组织人事处）主要职能是：负责机关公文处理、信息宣传、督查督办、政务公开、机要保密、建议提案、史志年鉴、信访、档案和固定资产管理工作；负责思想政治和宣传教育工作；负责机关和所属单位的机构编制、组织人事、劳动工资、教育培训、队伍建设及机关内部规章制度建设；组织指导全市水利专业技术职务评聘及专家工作；负责机关离退休干部管理服务工作。规划与建设处（质量与安全监督处）主要职能是：拟订全市水利发展规划，组织编制区域水利综合规划、专业规划、专项规划并监督实施；负责水工程建设规划同意书制度的实施；组织审查大中型水利建设项目建议书、可行性研究报告；指导全市水利基本建设管理工作；负责全市规模以上水利工程建设项目招标、投标活动的监督管理工作；指导全市水利行业施工、监理、勘测、设计、咨询等行业管理工作；负责水利综合统计工作；贯彻执行上级有关水利工程质量与安全监督管理的方针、政策；组织、指导或参与制定水利行业质量与安全生产管理规定或办法并组织实施；负责受监督水利工程建设项目质量、安全监督，参加工程阶段验收和竣工验收并出具质量与安全监督报告书；组织、指导直属水利工程管理单位、各类生产经营单位、建设项目和其他综合类质量与安全生产监管；组织或参与全市水利质量与安全生产事故和涉水违法事件的调查处理；组织或参与全市水利工程质量与安全监督管理人员的培训和考核；组织或参与制订全市水利工程质量与安全生产应急预案并组织实施；负责全市水利行业质量与安全生产统计等工作。
根据《关于同意市水利局增设河长制综合处的批复》（通编办发〔2017〕56号），增设河长制综合处，具体职责是：承担市河长制领导小组办公室日常工作，组织编制全市河长制管理保护规划，负责制定河长制管理工作制度和考核细则；协调、交办、督查总河长、河长确定的事项；落实上级河长制办公室交办事项；组织对下一级行政区域河长制工作进行检查、考核和评价；协调、督查、考核联系部门协助河长工作落实情况；全面掌握辖区河道管理状况，负责河长制信息平台建设；通报河长制工作进展情况，开展河道保护宣传工作。