从全国范围讲，江河湖泊具有重要的资源功能、生态功能和经济功能；随着经济社会快速发展，我国河湖管理保护出现了一些新问题；党中央、国务院高度重视水安全和河湖管理保护工作；党的十八大提出生态文明建设新理念；一些地区先行先试探索，形成了可复制、可推广的河长制经验。
我市全面推行河长制的指导思想是：深入学习贯彻习近平总书记系列重要讲话特别是视察江苏重要讲话精神，按照省、市党代会部署，牢固树立新发展理念，认真践行新时期治水方针，以保护水资源、防治水污染、治理水环境、修复水生态为主要任务，在全市江河湖库（以下简称“河道”）全面推行河长制，构建责任明确、协调有序、监管严格、保护有力的河道管理保护机制，统筹推进河道功能管理、资源保护和生态环境治理，切实维护河道健康生命，走出一条具有滨江临海平原水网地区特色的水生态文明建设之路，为全市“三城同创”，高水平全面建成小康社会，建设“强富美高”新南通夯实水生态环境基础。