水资源保护的主要内容是保持水资源可持续利用状态所采取的行政、法律、经济、技术等保护措施。从环境水利来讲，水资源保护包含水资源合理开发和水质保护两个方面。主要体现在水资源的开发、利用、配置、节约、保护、治污等6个方面。水资源危机已成为全球性问题，水资源与水环境保护已成为可持续发展的重点，因此，水资源保护是一项长期的战略任务。
水质评价即对水质的优劣进行的评定，按评价要求，确定评价范围、选择评价参数和评价标准，按确定的评价方法和程序，对不同水体质量进行评价。它为水资源保护规划、水功能区划和水资源管理提供科学依据。从水质评价的程序和内容来看，一般包括提出问题、污染源调查及评价、收集资料与水质监测、参数选择和取值、选择评价标准、确定评价内容和方法、编制评价图表和报告书等。从评价方法来看，包括感官性指标评价方法和生物学评价方法。
主要的水质标准有地表水环境质量标准、地下水质量标准、海水水质标准、农田灌溉水质标准、渔业水质标准、生活饮用水水质标准、各种工业用水水质标准等。