主要有五大原则：
坚持绿色发展，生态优先。把河道生态保护放在重中之重的位置，坚持绿色发展，处理好严格保护与合理利用、依法管理与科学治理的关系，促进河道休养生息，维护河道生态健康。
坚持党政领导、部门联动。建立健全以党政领导负责制为核心的责任体系，实行属地管理、分级负责。明确各级河长职责，强化工作措施，协调各方力量，形成合力，一级抓一级、层层抓落实。
坚持系统治理，因河施策。针对不同实际，坚持问题导向，实行“一河一策”，解决好河道管理保护中的突出问题。
坚持依法管理、长效管护。推动河道依法管理，严格河道水域岸线保护，健全完善长效管护机制，提升河道综合功能。
坚持强化监督、严格考核。建立健全河长制各项制度，严格监督考核和责任追究，拓展公众参与渠道，营造全社会共同关心、支持和参与河道管理保护的良好氛围。